Kurs Physalia „Network Analysis in R” był czterodniowym szkoleniem online poświęconym praktycznej analizie sieci w środowisku R. Program obejmował cały przepływ pracy: od tworzenia i modyfikowania obiektów sieciowych w pakiecie igraph, w tym list krawędzi, macierzy sąsiedztwa, typów grafów oraz atrybutów węzłów i krawędzi, po obliczanie statystyk na poziomie sieci, węzłów i krawędzi.

Kurs uwzględniał również miary centralności, spójność sieci, kliki, łączność, wykrywanie społeczności, matematyczne modele grafów, rozkłady zerowe i testowanie hipotez. Ostatni moduł był poświęcony wizualizacji sieci z użyciem tidygraph i ggraph, w tym doborowi układów, estetyce węzłów i krawędzi oraz sposobom przedstawiania dużych lub złożonych grafów.

Szkolenie było bezpośrednio istotne dla badań ekologicznych i mikrobiologicznych, w których metody sieciowe pomagają badać powiązania między organizmami, wykrywać wzorce strukturalne i formułować testowalne hipotezy dotyczące organizacji społeczności. W kontekście mojego projektu podoktorskiego na Uniwersytecie Warszawskim kurs wzmocnił podstawy analityczne do badania związków między protistami i bakteriami w słodkowodnych społecznościach mikroorganizmów z Pojezierza Mazurskiego oraz wsparł przygotowanie, analizę, interpretację i wizualizację mikrobiologicznych sieci asocjacyjnych.